説明には、httpd.confを書き換えるように指示してあるが、レンタルサーバのため書き換えられないので、hikiディレクトリに次のような .htaccessを置いてみた。
AddHandler cgi-script .cgi
Redirect /hiki http://hogehoge/cgi-bin
#<Directory "/hogehoge/cgi-bin">
DirectoryIndex index.cgi
Options ExecCGI FollowSymLinks
Order allow,deny
Allow from all
<FilesMatch "^hiki(conf?.rb|farm?.conf)$">
Order allow,deny
Deny from all
要するに Directoryも Aliasも .htaccessにはかけないので前者は Directoryで指定したディレクトリに .htaccessを置くことで、後者は Aliasを Redirectで代用することにしてみた。しかしこれだと Directoryは問題ないけど Redirectすると hikiへの URLが hiki/fooではなく、cgi-bin/fooとなってしまうためあんまりよくない。
結局、HikiFarmディレクトリと Hikiディレクトリを 1つにまとめて（つまり cgi-bin配下の内容を hiki配下にコピー）、Redirectしなくてもすむようにした。.htaccessはこんな感じ。
AddHandler cgi-script .cgi
#Redirect /hiki http://hogehoge/cgi-bin
#<Directory "/hogehoge/cgi-bin">
DirectoryIndex index.cgi
Options ExecCGI FollowSymLinks
Order allow,deny
Allow from all
<FilesMatch "^hiki(conf?.rb|farm?.conf)$">
Order allow,deny
Deny from allもともと hikiディレクトリ配下にあったディレクトリと同名（misc, template, themeとか）の wikiが作れなくなるという弊害はあるけどまあしょうがないか。